إدارة الأمن هي الذراع الأمني لمؤسسة الموانئ والجمارك والمنطقة الحرة في دبي، والتي تقدم جميع الجهود لتنفيذ المعايير الأمنية المحلية والدولية من أجل ضمان الأمن والسلامة والاستقرار في القطاع البحري والمناطق الحرة التابعة في إمارة دبي.
تتميز إدارة الأمن بتفوقها في تقديم الاستشارات والعمل مع الجهات المعنية فيما يختص بشهادة المدونة الدولية (ISPS) لمؤسسة والجهات التابعة لها كموانئ دبي العالمية والمناطق الحرة وغيرها من المواقع.
تهدف إدارة الأمن إلى تطبيق المنظومة الأمنية على أعلى المستويات، وبالتالي فإن أولوياتها القصوى هي تحقيق الأمن والأمان والسلامة من خلال تطبيق أفضل معايير الأمن الدولية لضمان التقدم إلى المركز الأول واستمرارية الارتقاء بالمستوى الأمني في نطاق الاختصاص من خلال العمل الدؤوب والتطوير الدائم لمستوى الأداء ومواكبة التغييرات وفقاً لإرشادات حكومة دولة الإمارات العربية المتحدة.